La existencia de una localidad prehispánica llamada Tzapopantl o Tzapopan ubicada en la actual cabecera municipal, es muy discutida por diversos historiadores, pues la localidad nunca fue mencionada en documentos de la época, a diferencia de otras localidades del ahora municipio y otras de municipios aledaños a este, como: Ixcatán, Tesistán, San Esteban, Copala, Tónala, San Sebastián de Analco, Santa Ana Atista, Juanacatlán, Tala, San Gaspar, etc. Lo que pone en duda la existencia de Tzapopan.
Sin embargo, para algunos expertos; la historia de Zapopan comenzó durante los años 1160 a 1325, cuando una gran cantidad de zapotecas, nahuas y mayas, llegaron al actual territorio de Zapopan cerca del actual arroyo Profundo, estos grupo venían del sur en busqueda de un asentamiento. Los habitantes, al paso de los años, fueron mezclándose con otras tribus, como los aztecas que se dirigían al Valle de México; sin embargo, los tecuexes fueron los que dominaron el terreno con el paso del tiempo. Tzapopantl fue fundado por los aztecas y los tecuexes, desde sus principios fue una ciudad muy religiosa que contaba con adoratorios y santuariosal dios sol, pero principalmente la adoración de esta ciudad era hacia el dios Teopiltzintli. La dieta de los habitantes se basaba en el maíz, frijol y frutas, además se dedicaron a la caza y a la pesca.
Tzapopantl era una ciudad con una población numerosa, pese a esto, las constantes guerras con otras tribus nómadas causaron una decadencia de la ciudad hasta verla convertida en un asentamiento de muy poca importancia, sometido al señorio de Atemejac que dependía del Hueytlatoanazgo de Tonalá, convirtiéndolo en un pueblo insignificante y de poca importancia a la llegada de los españoles.6
Conquista
El proceso de conquista del pueblo de Tzapopantl comenzó cerca del año 1530, año en que Nuño de Guzmán conquista el Reino de Tonalá (al cual pertenecia "Tzapopantl"), aunque posiblemente para ese entonces el poblado era insignificante o incluso despoblado. Finalmente con la victoria por parte de los conquistadores en la Guerra del Miztón en 1541 la región queda conquiatada, y con licencia del entonces virrey, Francisco de Bobadilla, encomendero de Tlaltenango, quien sacó de su encomienda los indios necesarios para repoblar Tzapopan, a fin de tener cerca gente suya que le sierviera y ayudara a la fundación de Guadalajara, la tarea de la repoblación y refundación quedó a manos de fray Antonio de Segovia, quien junto a fray Angel de Valencia, entregaron el 8 de diciembre de 1541 como patrona la imagen de la Concepción de Tzapopan. Esta imagen acompañó al padre Segovia por diez años en su ir y venir con el afán de cristianizar Zacatecas y otros lugares, fue a esta imagen, según histotiadores, a quien se le atribuye la exitosa repoblación y la posterior calma por parte de los indios. La construcción de la actual basílica fue iniciada en 1690 por don Juan de Santiago de León Garabito.
En la historiografía respecto del origen de Zapopan aparece un personaje legendario y acaso ficticio llamado Nicolás de Bobadilla, señor encomendero que algunas fuentes señalan como él que con indios de la región de Xalostotitlán llego a Zapopan hacia 1541 o 1543 según la fuente que se consulte. Sin embargo, y contrario a lo que cabria esperar de una cultura jurídica documentalista como lo era la española, no existen pruebas fidedignas de que algún personaje con ese nombre haya sido beneficiado con alguna merced de indios, si en realidad existió, las pruebas de su paso por estas tierras simplemente se perdieron en el mar de la burocracia de Sevilla, de Cádiz o de Madrid.
Siglo XIX: después de la independencia
Después del breve y fallido intento imperial, con el que había intentado organizarse el recién independizado virreinato de la Nueva España; el 21 de junio de 1823 el territorio de la antigua Provincia de Guadalajara se proclamó como el Estado Libre de Jalisco, el primero de los que conformarían la República Federal. El naciente Estado de Jalisco cambio el esquema de Partidos con los que se dividía el territorio de su jurisdicción y que venía usándose desde las reformas borbónicas; sustituyéndolo por el modelo de Departamentos; los que a su vez se sujetaban a otra unidad mayor: el Cantón. A cada Cantón correspondía una cabecera, con un jefe político que dependía a su vez del Gobernador del Estado. Éste concentraba en sí la toma de decisiones políticas, militares y fiscales. En el primer modelo de organización territorial del Estado de Jalisco, del 27 de marzo de 1824, nombrado como Plan de División Política del Territorio del Estado de Jalisco, Zapopan es un Departamento del Estado y la localidad de Zapopan proclamada cabecera de Departamento y nombrada Villa. El 18 de noviembre del mismo año, una vez promulgada la Constitución Política del Estado Libre y Soberano de Jalisco, Zapopan es ratificado como Departamento y adscrito al primer Cantón del Estado, con cabecera en Guadalajara. La Villa de Zapopan se ubicaba (y se ubica) hacia el noroeste de la ciudad de Guadalajara, se comunicaba con ésta por dos caminos; el primero de ellos corría hacia el sur-oriente de Zapopan atravesaba el arroyo del Colomo y entraba por la parte poniente de Guadalajara, el segundo salía hacia el oriente de Zapopan pasaba por Zoquipan y Atemajac, para luego entrar por la parte norte de Guadalajara por el barrio de Mezquitán.
Siglo XX
En el año de 1950, la población total del municipio de Zapopan ascendía a 27.115 habitantes, que es prácticamente la población que en el año 2000 se contabilizó en la colonia Santa Margarita. En 10 años la población del municipio aumentó un 100% y para el año de 1960 llegó a 54.562 habitantes. La población creció en la década de 1960 un 300% llegando en el año de 1970 a un total de 163.185 habitantes, mientras que el incremento poblacional en la década de 1970 fue del 238.5% y ascendía el año de 1980 a 389.081 habitantes. Entre 1990, en que Zapopan contó con 712.008 habitantes y para el año 2000 la población rebasó el millón de habitantes.
El 8 de diciembre de 1991, en solemne ceremonia encabezada por el Ejecutivo Estatal, el Presidente Municipal, los titulares de los Poderes Legislativos y Judicial, funcionarios de los tres niveles de gobierno y autoridades militares, se celebró el 450 aniversario de la fundación de la villa Zapopan, concediéndose, con este motivo, el título de ciudad, haciéndolo del conocimiento de la población mediante Bando Solemne, en atención al decreto No. 14358 expedido por el H. Congreso del Estado y publicado el 7 de diciembre
